Образовательно-воспитательную программу этого учебного заведения «для образования юношества, особенно предназначенного к важным частям службы государственной» разрабатывал М.М. Сперанский. По первоначальному плану в Лицее, в кругу сверстников и в изоляции от двора, должны были воспитываться также великие князья: младшие братья Александра I – Николай и Михаил. Размещение Лицея в особой близости от двора (в летней императорской резиденции Царском селе, во фрейлинском флигеле Екатерининского дворца) подчеркивало его привилегированное положение. Но первый директор лицея В.Ф. Малиновский пытался оградить учебное заведение от влияния двора путем строгой замкнутости: воспитанников выпускали за пределы его стен крайне неохотно и лишь в особых случаях, посещения родственников ограничивались. Царскосельский Лицей был первым в России закрытым учебным заведением, где не предусматривались телесные наказания. Программа обучения делилась на два курса по три года каждый и с успехом осуществлялась в течение первых шести лет. Первый лицейский (Пушкинский) выпуск – широко образованные люди, прекрасно подготовленные к гражданской и военной службе. Многие из соучеников Пушкина еще в лицее определили свой путь – Ф.Ф. Матюшкин (по прозвищу «плыть хочется») стал мореплавателем, исследователем Севера, Адмиралом, его именем назван мыс на побережье Ледовитого океана. В.Д. Вольховский («Суворочка») выбрал военную карьеру, участник войн с Персией и Турцией, полковник Кавказского корпуса, вышел в отставку в звании генерал-майора. Лицейский староста М. Яковлев, был даровитым музыкантом и литератором, а в лицее был известен как имитатор (его лицейское прозвище «Паяс 200 номеров»).

Дух независимости, уважения к собственному достоинству культивировался среди лицеистов. Кроме передовых идей они усваивали определенный тип поведения: отвращение к холопству и раболепному чинопочитанию, независимость суждений и поступков. Лицейский девиз – «для общей пользы, для общего блага». Лицейский дух крепко сплотил лицеистов после разлуки. Братство не слабело, а укреплялось. Из года в год собирались лицеисты в лицейский день – 19 октября, но с каждым годом круг их сужался. Последним из 29 лицеистов первого выпуска оказался А.М. Горчаков, который еще в лицее решил стать дипломатом и сделал прекрасную дипломатическую карьеру. 6 сентября 1843 года учебное заведение было переведено в Санкт-Петербург, в здание Александровского сиротского дома и стало именоваться Императорским Александровским лицеем. Первый в стране Пушкинский музей был создан именно в Александровском лицее, где память о первых воспитанниках бережно сохранялась студентами последующих курсов и передавалась из поколения в поколение.

В 1918 году лицей был закрыт, а освободившееся здание занял Пролетарский политехникум. В 1925 году многие бывшие воспитанники лицея были репрессированы (Дело лицеистов). Лишь в 1974 году в г. Пушкине был открыт музей-Лицей. Сегодня в музее рассказывается о юности А.С.Пушкина, который воспитывался здесь с 1811 по 1817 гг., о рождении его поэзии, и об этом передовом учебном заведении России XIX и начала XX веков. Музей воссоздает обстановку, в которой жили и учились лицеисты. На основе архивных материалов восстановлены в прежнем виде мемориальные помещения третьего и четвертого этажей, где в основном проходила жизнь воспитанников. Музей продолжает добрую традицию воспитанников Лицея – праздновать день основания учебного заведения – День Лицея 19 октября. С 1994 года он отмечается в музее в рамках ежегодного Международного лицейского фестиваля «Царскосельская Осень».